Mutowanie Aminokwasów

Swiss-PdbViewer pozwala na przeglądanie biblioteki rotamerów (typu izomerów)aby istniała możliwość zamiany bocznych łańcuchów aminokwasowych. To może być bardzo przydatne w określeniu przypuszczalnego efektu mutacji przed zaczęciem pracy w laboratorium.

Aby zainicjować mutacje po prostu kliknij na "mutation tool" zlokalizowane u gury okna wyświetlania. Musisz zaznaczyć konkretną grupę atomów, co osiągniesz przez klikanie na którykolwiek atom pożądanego aminokwasu. Następnie pojawi się lista w której będziesz mógł wybrać nowy aminokwas w miejsce starego.

Zauważ: klikanie na zewnątrz listy oraz klikanie przycisków "enter" oraz "return" automatycznie wybierze bibliotekę rotamerów dla zaznaczonego aminokwasu.

Aminokwas na którym operowałeś zostanie zamieniony na "najlepszy" rotamer nowo wybranego aminokwasu, ikonka narzędzia mutacji będzie odwrócona co sygnalizuje przebieg procesu mutacji.
"Najlepszym" rotamerem jest ten który ma najniższy wynik w odniesieniu do formuły:

       
Wynik = (4 x NbClash with backbone N CA and C atoms) + 
        (3 x NbClash with backbone O atoms) +
        (2 x NbClash with sidechains atoms) - 
        NbHbonds - 4 x Nb SSbonds

Numer rotamerów jest wyświetlany poniżej narzędzi w okienku "Display". Możesz zobaczyć coś takiego:

       rotamer: 4/16  wynik: -1

co oznacza że 4 z 16 rotamerów zostały wybrane. Obszar w którym wyświetla się wynik jest uaktualniany za każdym razem kiedy wybierasz następny rotamer poprzez kliknięcie małych strzałek które znajdują się pod narzędziem "mutate tool", lub poprzez kliknięcie klawisza "*" na klawiaturze numerycznej. Przytrzymanie klawisza "Shift" podczas klikania "*" zaznaczy poprzedni a nie następny rotamer.

Przewidywane wiązania wodorowe będą wyświetlane na zielono, a układ atomów na purpurowo. Zauważ że będą wyświetlane tylko wtedy jeżeli grupa atomów z którą się łączą jest widoczna, więc należy oddalić widok od grupy która jest poddawana mutacji przed zaczęciem (lub po, zobacz poniżej).
Możesz dowolnie obracać, przesuwać i zmieniać zmieniać wielkość molekuły jak również wyświetlać oraz ukrywać grupy atomów itp. itd.
Kiedy już skończysz eksperymentować możesz zakończyć "mutacje" poprzez kliknięcie jeszcze raz "mutation tool". Zostaniesz poproszony o zaakceptowanie lub anulowanie mutacji (jeżeli nie zaakceptujesz molekuła powróci do stanu wyjściowego.